通勤手当はほとんどの会社が支給しています。
では、通勤手当は必ず支給しなければいけないのでしょうか？
実は、法的には通勤手当を支給する義務はありません。支給の方法も会社が任意に定めることができます。

掛かった実費ではなく、定期代を支給する会社が大半です。
ある調査では、1 ヶ月分ずつ支給する会社が約 4 割、6 ヶ月分ずつが約 5 割となっています。
入社当初は 1 ヶ月分でも良いと思いますが、費用が安く済みますので、6 ヶ月定期代を支給することをお勧めします。
また、約 4 割の会社で通勤手当の上限額を設定しています。
上限額は 3 万円、5 万円、10 万円といった金額が多いようです。 会社としては費用が抑えられますし、社員としても、あまり通勤が長いと疲れてしまいますので、通勤手当に上限を設け、会社に近いところに住んでもらうのが良いのではないでしょうか。

マイカー通勤を認める場合、通勤手当はどのように支給しているでしょうか。以前よく見かけた支給基準に、税法上の非課税限度額に準じて支給しているものがありました。 片道 2 ～ 10km＝ 4,200 円、10 ～ 15km＝ 7,100 円・・・ シンプルで管理しやすい利点はありますが、2kmの人と 10 kmの人では実際に支払うガソリン代は 5 倍の差があるのに、手当の額が同じでは公平さの点で問題があるように思います。面倒かもしれませんが、距離とガソリン代に応じて支給することをお勧めします。

知らないうちに交通手段を変更している場合もありますので、定期的に交通手段を確認することをお勧めします。
電車＋バスで申請して通勤手当をもらっているが、実際は自転車で通勤していた、というケースもありました。
本人の努力かもしれませんが、他の社員の不公平感につながりますので、交通手段を変更した場合は、必ず申告してもらい、正しい通勤手当を支給するよう、ルール化することが大事です。